理事の代表権の制限をしている法人は、登記簿上の他の理事の代表権喪失の登記をしなくてはなりません。平たく言えば、定款で、理事長がいて、理事長が法人を代表して、職務を総理する・・・みたいな文言がある場合には、やらなくてはなりません。
殆んどの都道府県のモデル定款はそうなっているので、ということは、殆んどのNPO法人がこの手続きを取らなくてはなりません。4月1日から6カ月以内で、他の登記事項が発生した場合はそれと一緒に手続きしなくてはなりません。
懈怠に関しては、罰金20万円以下の過料に処せられることがあると規定されています。きちんと手続きしておくことをお勧めいたします!